研究院实施理事会领导下的院长负责制。

理事会由共建各方委派的代表（理事）组成，理事代表所在单位履行对研究院的领导权。滁州市、中科院合肥分院、滁州学院各委派两名理事，参与共建的企业委派一名理事。理事长及副理事长由共建各方商量决定。

理事会是研究院的最高决策机构，负责制定管理制度与程序、审议并批准年度工作总结与工作计划、审议并批准预算与决算、聘任院长与副院长、以及其他需要理事会审议并批准的重大事项。

研究院院长根据理事会制定的管理制度与程序，以及经理事会批准的工作计划、经费预算等独立开展各项工作。

研究院另成立指导与咨询性质的专家委员会，聘请国（境）内外健康、养老、护理及智能科技领域的高水平管理人员、专家及企业家担任委员，为研究院提供方向、决策及重大事项的指导。

研究院同时根据实际养老服务的需要，在滁州市人民政府及相关部门的指导下，在成立的第一年遴选一至两家高水平的养老企业进行合作，在滁州市成立相应的养老服务公司，承接智慧健康养老服务试点的工作。企业的运行应该完全按照有关法律及政策进行，提供养老服务需要享受的权利与优惠政策，以及应该承担的义务也按有关政策确定。